第二集中，尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下， 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗，将尼奥救了出来。 此时，电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击，人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗，形势危在旦夕；尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难，到达机器城市，尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”，双方谈判并达成了协议：尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯，以换取锡安的和平。 在“母体”中，尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗
演员：詹姆斯·戴尔 约翰·卡拉辛斯基 马克斯·马蒂尼 多米尼克·福穆萨 巴勃罗·施瑞博尔 大卫·丹曼 马特·莱斯切尔 托比·斯蒂芬斯 艾莉克西娅·芭利尔 弗雷迪·史卓玛 大卫·科斯塔贝尔 莉莎·伊娃斯蒂娜 安德烈·克劳德 大卫·君图力
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演员：丹泽尔·华盛顿 罗伯特·杜瓦尔 安妮·海切 艾迪·格里芬 雷·利奥塔 加布里埃拉·奥尔蒂安 金伯莉·伊丽丝 Ron Annabelle 丹尼尔·E·史密斯 劳拉·哈灵 Barry G. King 凯文·康诺利 瓦妮莎·布兰奇 大卫·桑顿 Larissa Laskin 詹姆斯·伍兹 史蒂芬·穆尔 James Finnerty 诺安·坚金斯 阿莱格拉·富尔顿 Darrin Brown 保罗·约翰逊 谢拉·丹妮丝 伊桑·苏普利 肖恩·海托西 希瑟·沃奎斯特 Troy Beyer 斯科特·布鲁姆 迪娜·沃特斯 卡
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