应该是从遥远的宇宙彼方K隆星来侵略地球的KERORO小队，在剧场版中却将地球从可怕的危机中拯救出来……这一次，KERORO军曹的面前出现了最新！最恶！最强的敌人！！故事讲述冬树与KERORO小队一起去印加帝国的马丘比丘足迹参观，喜欢神秘事物的冬树当然是大为高兴，可是KERORO的脑袋里面装满了要侵略地球的事情。他们在那里因为迷路而发现了遗迹，后来因为突发状况而不得不从那里逃出。但在那时，冬树一瞬间看见了一位伫立在迷途中的少女。抱着对少女的不解之迷，冬树与KERORO回到了东京。不过这时，最强的敌人出现在了他们面前。样子和KERORO一模一样，但与KERORO不同天空対決戦ｔテンクウたい的是，他是要迅速且透彻地策划侵略地球的黑暗KERORO。他带领着部下CIBABA、DORURU、MIRURU一起在世界各国开始了侵略行动。而迎击这一切的KERORO小队的命运是？……
演员：梶原岳人 小林裕介 中井和哉 铃村健一 上条沙惠子 市道真央 悠木碧 八代拓 阪口大助 楠大典 兴津和幸 日野聪 宝龟克寿 土师孝也 鸟海浩辅 小西克幸 长岛雄一 小野大辅 古川慎 坂田将吾 Lynn 河西健吾 大原沙耶香 金元寿子 宫野真守 前野智昭 赤尾光 坂本真绫 内山夕实 钉宫理惠 松冈祯丞 乃村健次 千叶进步 岛袋美由利 大久保瑠美 小林亲弘 青山穰 安元洋贵 日笠阳子 关智一 津田健次郎 樱井孝宏 朝井彩加 小野友树 伊藤健太郎 速水奖
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